Sistem Manajemen Mutu ISO 9001 adalah Sistem manajemen untuk mengendalikan dan mengarahkan organisasi dalam hubungannya dengan kualitas dan merupakan salah satu framework standar manajemen mutu yang diakui internasional. SMK-SMAK Bogor telah mengimplementasikan SMM ISO 9001 sejak Februari 2005 dan pada bulan November 2006 telah memperoleh sertifikat SMM ISO 9001:2000. Sejalan dengan perkembangan standar ISO, saat ini SMK-SMAK Bogor sedang mengimplementasikan SMM ISO 9001:2015.

Wakil Manajemen Mutu (WMM) merupakan perpanjangan tangan dari sekolah yang secara spesifik diberikan tanggung jawab dan wewenang dalam menerapkan, memantau, dan mengevaluasi efektivitas dalam mengimplementasikan SMM ISO 9001:2015. Adapun kegiatan yang menjadi tanggung jawab Bidang WMM antara lain:

1. Menyelenggarakan Audit Internal
2. Menyelenggarakan Audit Surveillance
3. Menyelenggarakan Resertifikasi SMM ISO 9001:2015
4. Menyelenggarakan Rapat Tinjauan Manajemen (RTM)
5. Mengelola Keluhan Pelanggan/ Pengaduan Masyarakat
6. Mengelola Survey Kepuasan Masyarakat (SKM)
7. Mengkoordinir penetapan dan pemantauan Sasaran Mutu Sekolah dan Bidang

Dengan mengimplementasikan SMM ISO 9001:2015 dalam penyelenggaraan sistem pendidikan di lingkungan SMK-SMAK Bogor maka diharapkan diperolehnya output yang bagus dari setiap proses khususnya lulusan yang kompeten.