Bermula pada masa pemerintahan Belanda, saat permulaan Perang Dunia 1, berdiri Agricultuur Chemisch Laboratorium dalam lingkungan Department van Landbouw, Nijverheid en Handel di Buitenzorg (Bogor). Balai ini bertugas melayani para ahli dan sarjana pertanian dalam meneliti tanaman-tanaman tropis, terutama yang ada di Kebun Raya serta arti ekonomi dari tanaman-tanaman tersebut dan memeriksa/menguji barang-barang dan bahan untuk instansi pemerintah terutama dalam bidang pertanian, perdagangan, dan sebagainya yang saat ini dikenal dengan nama BBIA (Balai Besar Industri Agro) yang kemudian berubah menjadi BBSPJIA (Balai Besar Standardisasi dan Pelayanan Jasa Industri Agro.

Pada tanggal 1 September 1950, balai tersebut mempelopori penyelenggaraan kursus berjangka waktu 4 tahun dan diberi nama Analysten Cursus yang dikepalai oleh sarjana Belanda bernama Herman Busser. Kursus ini bertujuan untuk memenuhi kebutuhan akan tenaga analis kimia dalam bidang penelitian dan sektor industri. Kursus ini terdiri atas pembelajaran selama dua tahun di sekolah yang diselesaikan dengan Ujian Analisis Bagian I dan dilanjutkan dengan dua tahun Kerja Nyata di balai penelitian atau perusahaan terkait. Selesai mengerjakan Kerja Nyata, siswa kembali ke sekolah untuk diuji teori secara lisan maupun praktik mengenai jurusan yang dipilihnya. Akhir kelulusan, siwa akan mendapat ijazah analis (kursus/lengkap). Pada tanggal 8 September 1959, Kursus Analis berubah bentuk menjadi Sekolah Analis Kimia (SAK) yang dikepalai oleh Sdr. Achmad Chon, B.Sc. (1959-1977) menggunakan kurikulum yang diadopsi dari kursus yang sebelumnya.

Perubahan besar lain terjadi pada tahun 1961. Supervisi atas SAK berpindah tangan dari Balai Penelitian Kimia ke PNPR Nupiksa Yasa. Terdapat perubahan besar dalam kurikulum dari dua tahun pembelajaran di sekolah dan dua tahun kerja nyata menjadi tiga tahun pembelajaran di sekolah dan satu tahun Kerja Nyata. Lulusan berhak atas ijazah Analis (lengkap). Sejak 23 Juni 1966, SAK berubah menjadi SAKMA (Sekolah Analis Kimia Menangah Atas). Perubahan kurikulum hanya sedikit terjadi, dari tiga tahun pembelajaran di sekolah dan satu tahun kerja nyata, menjadi tiga tahun enam bulan pembelajaran di sekolah dan enam bulan kerja nyata. Posisi Kepala SAKMA dijabat oleh Drs. H. Ardi Sumarna, B.Sc. (1977—1994).

Pada akhirnya, pada tahun 1985, SAKMA berubah menjadi SMAKBO (Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor), salah satu sekolah terbaik di Indonesia dengan animo dan tanggapan masyarakat yang positif untuk sekolah dan lulusannya. Ir. Abdul Ghani (1994-1995) mengepalai SMAKBO selama 1 tahun, lalu digantikan oleh Drs. H. E. Krisnandi Ismail, B.Sc. (1995-1999) dan H. Taminuddin, B.Sc. (1999-2004).

Animo siswa Sekolah Menengah Pertama (SMP) yang mendaftar ke SMAKBO sangat tinggi, begitu juga animo perusahaan yang menginginkan lulusan SMAKBO untuk bekerja di perusahaan mereka sampai hari ini. SMAKBO memiliki kepala sekolah wanita pertama pada tahun 2004, yaitu Dra. R. Wiwi Widarsih, B.Sc. (2004-2009). Tahun 2009 sampai 6 Juli 2017, SMAKBO dikepalai oleh Dra. Hadiati Agustine (2009-2017). Dan saat ini, SMAKBO di bawah kepemimpinan Dwika Riandari, M.Si. (2017-sekarang).

Sampai hari ini, sekolah yang bertempat di Jl. Binamarga I, Ciheuluet ini terus berkembang dan menjadi sekolah kebanggaan bagi siswa, guru, alumni, warga Kota Bogor, dan bangsa Indonesia sebagai salah satu sekolah yang telah menghasilkan lulusan dengan prestasi luar biasa yang semoga berguna untuk turut membangun bangsa.