SMK - SMAK Bogor menerapkan sistem pembelajaran 60% praktik dan 40% teori. Meskipun sistem pembelajaran menitikberatkan pada pembelajaran praktik tetapi tidak serta merta menomor duakan proses pembelajaran teori. Untuk menunjang proses pembelajaran teori SMK - SMAK Bogor telah menyediakan fasilitas penunjang berupa ruang belajar teori sebanyak 29 kelas. Pembelajaran teori bersifat moving class sehingga ketersediaan ruang belajar yang hanya 29 dapat mengakomodir proses pembelajaran untuk 36 rombel. Setiap ruang belajar memiliki kapasitas maksimal 34 orang dan dilengkapi dengan Air Conditioner (AC), Proyektor, dan Whiteboard sehingga cukup nyaman untuk berlangsungnya proses pembelajaran teori. Ruang belajar yang nyaman diharapkan dapat mempermudah dan mempercepat proses transfer pengetahuan.